Napriek tomu, že pápež František má veľmi prospešný vplyv na katolícku cirkev, vo svojej histórii boli nielen biele, ale aj čierne pruhy. Tu je prvých desať škandálov, ktoré vypukli vo Vatikáne, od tajných materiálov až po súdny proces mŕtveho tela.
- John XII bol vo veku 18 rokov zvolený za dediča Svätej Stolice. Čoskoro sa jeho meno hrmelo do celého sveta: mladý pápež viackrát upútal pozornosť verejnosti pre svoj osobný život, o ktorý sa oveľa viac zaujímal ako o záležitosti cirkvi. Zoznam obvinení vznesených proti Johnovi obsahoval klauzulu o tom, že mladý pápež privolal démonov, zabil a mučil ľudí a často hral hazardné hry. Niektorí historici tvrdia, že Ján XII. Mal veľa intrík s ženatými ženami. Jeho pápežstvo sa skončilo v roku 964, keď zomrel na infarkt, ktorý údajne trávil čas s jednou zo svojich mileniek.
- Zdá sa, že v 70. rokoch 20. storočia pápež Sixtus IV „dozrel“ všade. Mal šesť nelegitímnych detí, z ktorých jedno sa narodilo v dôsledku jeho vzťahu so sestrou. Je potrebné poznamenať, že pápež mal svoje vlastné princípy. Cirkvi priniesol veľa peňazí vyberaním daní z prostitútok. Okrem toho, Sixtus IV nariadil kňazom platiť peniaze za právo mať milenky, Pápež však dokázal napísať svoje meno v histórii nielen kvôli svojmu hektickému osobnému životu: po ňom bola pomenovaná Sixtínska kaplnka (Cappella Sistina).
- Vo svojej knihe pápež Štefan VI. Napísal, že pomsta je po smrti obzvlášť sladká. Možno preto požiadal o exhumáciu tela svojho predchodcu pápeža Formosu, aby ho poslal na súd. Telo zosnulého pápeža bolo uznané vinným z mnohých zločinov, vrátane zvyku predstaviť sa ako arcibiskupa po tom, ako bol zbavený tejto dôstojnosti, Pápež Štefan však po jeho čine čelil aj ťažkému osudu: bol uväznený a uvrhnutý do väzenia, kde v roku 897 zomrel.
- Napriek škandalóznemu úniku tajných dokumentov katolíckej cirkvi v roku 2012 sa Vatikánske tajné záznamy prvýkrát dostali do rúk verejnosti v roku 1869, keď nemecká publikácia zverejnila rokovania pápeža Pia IX. S úradníkmi, kde diskutovali o vplyve racionalizmu, liberalizmu a materializmu.
- Jeden z najväčších škandálov vypukol vo Vatikáne v roku 2010 a vrhá tieň na čas pápežstva Benedikta XVI. Pred štyrmi rokmi sa novinári dozvedeli, že pápežov asistent, Angelo Balducci a Chinedu Thomas Ehiem, člen zboru katedrály sv. Petra boli zapojení do systému mužskej prostitúcie, Polícia preukázala účasť Balducciho v tomto prípade pri odpočúvaní Eichema, ktorý bol zapojený do priameho doručovania mladých ľudí úradníkovi. V súčasnosti sú vyšetrovatelia presvedčení, že sestra celkovo poskytla Balduimu najmenej 10 stretnutí s mladými ľuďmi vrátane modelára a ragbyového hráča.
- Hneď na začiatku roku 2013 čelil Vatikán vážnym finančným problémom, keď Talianska centrálna banka prestala obsluhovať bankomaty vo Vatikáne z dôvodu, že úrady nedodržiavajú všetky pravidlá zamerané na predchádzanie pranie špinavých peňazí, Neschopnosť používať plastové karty stála Vatikán asi 3 000 eur denne až do 12. februára, keď sa švajčiarska banka dohodla na zabezpečení stabilnej prevádzky nečinných bankomatov.
- 28. júna 2013 bol Nunzio Sczrano, bývalý vedúci účtovného oddelenia, zatknutý spolu so svojimi dvoma spolupáchateľmi, bývalým špiónom a finančníkom. Bol predstavený pašovanie poplatkov vo výške 20 miliónov EURktoré nosil v súkromnom lietadle. Neskôr právnik úradníka vysvetlil, že jeho dozorca odmieta priznať svoju vinu. Tento škandál prinútil rezignáciu prezidenta Vatikánskej banky, ako aj jeho zástupcu.
- 19. júla 1982 bolo na moste Blackfriars nájdené telo Roberta Calviho, známeho aj ako „Bankár Boží“. Predseda Bank of Milan Ambrosiano (ktorého hlavným akcionárom je Vatikán) obvinený z nezákonného vývozu obzvlášť vysokých súm do zahraničia, Muž odletel do Londýna, kde bol zabitý, av tom čase dostal imunitu americký arcibiskup, ktorý bol tiež zapojený do prípadu Calvi.
- Katolícky duchovný obvinený z pedofílie, bol zatknutý za urážku na cti po tom, ako uviedol, že vo Vatikáne prekvitá gay prostitúcia. Patricio Poggi bol zadržaný po tom, čo vyšetrovatelia mali podozrenie zo lož v jeho vyjadreniach. Podgy predtým tvrdil, že za vyhľadávanie homosexuálov bol zodpovedný bývalý policajný dôstojník.
- 23. mája 2012 bola „pravá ruka“ pápeža Benedikta, Paolo Gabriele, zatknutá za odovzdanie dôverných dokumentov vo Vatikáne talianskemu novinárovi Gianluigimu Nuzziovi. Okamžite sa ponáhľal odhaliť existencia korupcie v múroch Vatikánua Gabriele bol potrestaný za krádež. V októbri 2012 bol odsúdený na 18 mesiacov domáceho väzenia.